4 Place Jussieu, 75005 Paris
BioSys.SU@gmail.com

Atelier Analyse et Visualisation des Réseaux

 

Cet atelier méthodologique aura lieu le mardi 15 mai 10h00 à 12h30 puis de 14h00 à 17h00 et sera animé par Philippe Lopez.
Il aura lieu sur le campus Jussieu en salle RC03 de l’Atrium.

Au programme :

  • Construction de réseaux biologiques à partir de différents types de données (similarité, interactions protéine-protéine, …)
  • Visualisation des réseaux avec les logiciels Gephi et Cytoscape : comparaison des différents types de visualisation, créations de fichiers d’attributs pour caractériser les noeuds des réseaux (par exemple par des propriétés biologiques), coloration du réseau selon les divers attributs, interprétation biologique des topologies sur des exemples tirés de données réelles.
  • Manipulation des réseaux et calculs de divers indices topologiques permettant de les décrire (centralités des noeuds, descriptions des composantes connexes, …)
    Cet atelier se fera sur machine, une connaissance (minimale) du langage de programmation Python est souhaitée mais n’est pas indispensable.

Pour vous inscrire il est nécessaire d’envoyer un e-mail à BioSys.SU@gmail.com.